ریشه‌های علم مزاج‌شناسی و کیمیاگری در قدیم شناخت عناصر چهارگانه و طبایع مربوط به آن‌ها یکی از فنون علم کیمیاگری بوده است که در علوم مختلفی کاربرد داشته مانند: مزاج‌شناسی در طب، هواشناسی در اقلیم‌شناسی (جغرافیا)، شناخت ماهیت اعداد در ریاضی (که فیثاغورس آن را بنیانگذاری کرد) و علم اخترشناسی که از تأثیر کیفیت امواج و طبایع آن‌ها بر زمین و موجودات زمینی سخن می‌گوید. پایه این دانش از شهر اسکندریه در مصر که مرکز دانش کیمیاگری یونان بود شروع شد و اهمیت خود را در بیشتر دوران‌های یونان و روم حفظ کرده بود. یونانیان عقاید هرمسی (مخفی) مصریان را از آن خود کرده و آن را با فلسفه‌های فیثاغورث و فلسفه عرفانی در هم آمیختند.
فلسفه فیثاغورث و تفکر یونانیان فلسفه‌ی فیثاغورث بر این اساس استوار است که اعداد بر جهان حاکم هستند. وی با شنیدن صدا و مشاهده ستارگان، اشکال هندسی (مثل مثلث) یا هر چیز دیگری که بتوان از آن نسبیت به دست آورد، به چنین نتیجه‌ای دست یافت. تفکر یونانیان بر این عقیده استوار بود که جهان را می‌توان از طریق تمرکز بر پدیده‌های طبیعی توصیف کرد. افلاطون و ارسطو که کتاب‌های‌شان بخش جدایی‌ناپذیری از علم کیمیاگری بود این فلسفه را مطرح کردند. براساس این عقیده، جهان را می‌توان توسط قوانین طبیعی که تنها از بررسی‌های دقیق، جامع و سنگین قابل دسترسی است توصیف کرد.
نظریه چهار عنصر ارسطو یکی از مفاهیم بسیار مهم که در آن زمان مطرح شد و توسط ارسطو بیان شد، بر این اساس است که همه چیز در جهان خلقت از چهار عنصر ساخته شده است: آب، خاک، هوا و آتش. به گفته‌ی ارسطو، هر یک از این چهار عنصر دارای حوزه‌ی خاصی است که فقط به آن عنصر تعلق دارد و در صورتی‌که دست نخورده باقی بماند به آن باز می‌گردد. این چهار عنصر در فلسفه‌ی یونانیان بیشتر چهار جنبه‌ی کیفی (ونه کمّی) ماده را به نحوی که امروزه عناصر مطرح می‌شوند تشکیل می‌دادند. کیمیاگری حقیقی هیچ‌گاه آب، خاک، هوا و آتش را به‌عنوان مواد شیمیایی یا مادی به مفهوم امروزی آن نمی‌دانست. این چهار عنصر در حقیقت کیفیت‌های اصلی و عمومی هستند.
فلسفه عالم کبیر و عالم صغیر برخی از خردمندان و دانشمندان فلسفه و دانش طب قدیم به بیان این نکته می‌پردازند که قطعاً و بی‌شک، هرچیزی که در زیر است مانند چیزی است که در سطح است و هر چیزی که در سطح است مانند چیزی که در زیر است، تا از این طریق معجزه تفکیک‌ناپذیری و واحد بودن حاصل شود. این عقیده، فلسفه‌ی عالم کبیر – عالم صغیر را تشکیل می‌دهد. به‌عبارت دیگر، جسم انسان (عالم صغیر) تحت تأثیر جهان خارج (عالم کبیر) قرار دارد که از طریق اخترشناسی شامل آسمان و از طریق عناصر شامل زمین نیز می‌تواند تسلط پیدا کند. از نظر پزشکان هر دارویی که بتواند ناخالصی‌ها و عوامل فسادپذیر را از جسم انسان خارج کند می‌تواند به آرزوی داشتن عمر طولانی توسط انسان، جامه‌ی عمل بپوشاند.
علوم تجربی و زوال دانش‌های باستانی قبل از هر چیز باید ببینیم وظیفه‌ی علوم تجربی چیست؟ علوم تجربی نتایج سایر علوم را در عمل ثابت می‌کند و حقایقی را آشکار می‌سازد که شاید از راه استدلال امکان آن نیست. علم معاصر با تاکید بر آزمایشات تجربی و دقیق و نیز خوار شمردن حکمت باستان، مرگ آن را به بار آورد. هرچند که اساس این حوادث در قرن هفدهم پایه‌ریزی شد، اما از نظر کاربردی استفاده از دانش‌های باستانی تا بیش از دویست سال همچنان برقرار بود و در قرن هجدهم به اوج خود رسید. پایه‌گذاری شیمی جدید و تأکید بیشتر بر علوم تجربی و آزمایشگاهی علوم باستانی به‌دست فراموشی سپرده شد و هم‌زمان با پیدایش برخی از کشفیات جدید مانند آنتی‌بیوتیک‌ها، واکسن‌ها، میکروب‌ها، اشعه ایکس و… علم پزشکی جدید پایه‌گذاری شد. هرچند که این علم کمک بسیار زیادی به جوامع انسانی کرد اما از طرفی علم تجربی و تکنولوژیکی قادر به برطرف کردن بسیاری از مشکلات و بیماری‌های انسان‌ها مانند: به تأخیر انداختن روند پیری، معالجه‌ی سرطان، بهبود عوارض ناشی از سکته‌های مختلف، معالجه‌ی مرگ مغزی، معالجه‌ی آلزایمر و مواردی از این قبیل نیست.
بازگشت به دانش باستانی در صورتی که اگر کمی به دانش باستانی مراجعه شود علم پزشکی جدید قادر خواهد بود با استفاده از برخی از اصول صحیح حکمت و طب باستان به یاری بشریت شتافته و به رفع بسیاری از مشکلات وی کمک کند. یکی از مسائلی که باعث شد حکمت و طب باستان کم‌رنگ‌تر شود و جایگاه خود را از دست دهد متصل نبودن آن به نظام دانشگاهی بود. به جرأت می‌توان گفت که شیمی‌آلی و سیستم‌های علمی و دانشگاهی امروز نیز به تنهایی قادر به حل مشکلات بشر و بهبود روند زندگی انسان نیستند، به همین دلیل مردم جهان در سرتاسر دنیا روزبه‌روز علاقه بیشتری به روش‌های مختلف درمان طبیعی و باستانی نشان می‌دهند و این موضوع باعث رونق بیشتر این علوم در عصر ما شده است، به‌طوری که به‌تدریج در بعضی از نقاط دنیا علوم و دانش‌های درمان طبیعی مجدداً جزو برنامه‌های مطالعاتی و تحقیقاتی دانشگاه‌ها قرار گرفته است. البته این رویکرد مجدد با دقت خاصی باید صورت گیرد تا عموم مردم نسبت به آن آگاهی دقیق‌تری پیدا کنند و نیز باعث ایجاد یک جنبش سوفسطایی و پدیدار شدن افراد ناآگاه و فرصت‌طلب اعم از تحصیل کرده و عوام در جوامع نگردد.
